طرح تاسیس معاونت فرهنگی در دانشگاهها از طرف معاونان دو وزارت فرهنگ و آموزش عالی و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مطرح شد و پس از بحث، شورای عالی با آن مخالفت کرد ولی مقرر شد که:
الف : معاونت دانشجوئی در دانشگاهها با عنوان معاونت دانشجوئی و فرهنگی وظایف امور فرهنگی دانشگاهها را هم عهده دار باشد.
ب : در موارد اختلاف که آیا رسیدگی به موضوعی فرهنگی به عهده معاونت دانشجوئی و امور فرهنگی است یا به عهده دفتر نمایندگان مقام معظم رهبری، هیاتی مرکب از رئیس کمیسیون مشورتی و رئیس دانشگاه و نماینده دفتر نمایندگان مقام معظم رهبری، موضوع را بررسی می کند و نظر می دهد.