در اجرای بند (الف) تبصره (3) ماده (12) قانون در موارد اختلاف دارندگان پروانه عملیات معدنی با دستگاه‌های اجرایی و یا با یکدیگر، موضوع از طریق وزارت رسیدگی و در صورت توافق طرفین با داوری شورا، مراتب در شورا مطرح و رای صادره برای طرفین قطعی و لازم‌الاجرا است. دبیر شورا می‌تواند از نمایندگان طرفین به منظور حضور در جلسه بدون حق رای دعوت کند.