در اجرای بند (الف) تبصره (3) ماده (12) قانون در موارد اختلاف دارندگان پروانه عملیات معدنی با دستگاه‌های اجرایی و یا با یکدیگر، موضوع از طریق وزارت رسیدگی و در صورت توافق طرفین با داوری شورا، مراتب در شورا مطرح و رای صادره برای طرفین قطعی و لازم‌الاجرا است. دبیر شورا می‌تواند از نمایندگان طرفین به منظور حضور در جلسه بدون حق رای دعوت کند.
فصل ششم - شورا
از
آیین‌نامه اجرایی قانون معادن
روند، نحوه بررسی، طرح موارد مرتبط و چگونگی تشکیل و اداره جلسات شورا، بر اساس نظامنامه داخلی شورا خواهد بود.
وزارت موظف است نسبت به تامین هزینه‌های شورا و کارگروه‌های مشورتی و تخصصی آن از جمله حق حضور در جلسات و حق‌الزحمه کارشناسی بنا به پیشنهاد دبیر شورا و پیش‌بینی منابع آن در بودجه سالانه وزارت اقدام کند.
در اجرای ماده (12) قانون و ایجاد وحدت رویه و هماهنگی و حفظ حقوق دولت و دارندگان پروانه عملیات معدنی و ایجاد امنیت سرمایه‌گذاری در بخش معدن، وزارت می‌تواند به تشخیص خود موارد قابل بررسی را در شورا ارائه کند.