رسیدگی به جرائم قاچاق کالا و ارز سازمان یافته و حرفه ای، قاچاق کالاهای ممنوع و قاچاق کالا و ارز مستلزم حبس و یا انفصال از خدمات دولتی در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است. سایر پرونده های قاچاق کالا و ارز، تخلف محسوب و رسیدگی به آن در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی است. چنانچه پرونده ای، متهمان متعدد داشته و رسیدگی به اتهام یکی از آنان در صلاحیت مرجع قضائی باشد، به اتهامات سایر اشخاص نیز در این مراجع رسیدگی می‌شود.
تبصره (اصلاحی 1400/11/10)- در صورتی که پس از ارجاع پرونده به سازمان تعزیرات حکومتی و انجام تحقیقات محرز شود رسیدگی به جرم ارتکابی در صلاحیت مرجع قضائی است، شعبه مرجوعٌ الیه مکلف است بلافاصله قرار عدم صلاحیت خود را صادر کند. این قرار پس از تأیید مقام مافوق شعبه در سازمان تعزیرات حکومتی و یا در صورت عدم اعلام نظر آن مقام ظرف مدت یک هفته، قطعی است و پرونده مستقیماً به مرجع قضائی ذی صلاح ارسال می‌شود. همچنین در مواردی که پرونده به تشخیص مرجع قضائی در صلاحیت تعزیرات حکومتی است، پرونده مستقیماً به مرجع مذکور ارسال می‌گردد و شعب سازمان تعزیرات حکومتی مکلف به رسیدگی می‌باشند. مقررات این تبصره از شمول ماده (28) قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب (در امور مدنی) مصوب 1379/1/21 مستثنی است.