پرونده های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم الاجراء شدن این قانون است، از نظر تعیین ماخذ مشمول مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مودیان و ماموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 1387/2/17 می باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مودی، قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.