کارکنان یگان حفاظت به جز کارکنان مأمور به خدمت از نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران در ارتباط با ضوابط اداری، مالی و استخدامی تابع قوانین و مقررات و آیین نامه های مربوط سازمان هستند. کلیه کارکنان این یگان در راستای وظایف حفاظتی، انتظامی و به‌کارگیری سلاح، مهمات و تجهیزات انتظامی تابع آیین نامه انضباطی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران و تحت امر فرمانده یگان حفاظت سازمان، هستند.