شورای مرکزی در اولین جلسه خود که به دعوت وزیر مسکن و شهرسازی و به ریاست وی در وزارت مسکن و شهرسازی تشکیل می‌شود، از میان خود سه نفر را به منظور تعیین رییس شورای مرکزی به وزیر مسکن و شهرسازی پیشنهاد می‌نماید و وزیر مسکن و شهرسازی از بین آنها یک نفر را به عنوان رییس شورای مرکزی که رییس سازمان نیز محسوب می‌شود جهت صدور حکم به رییس جمهور معرفی خواهد نمود.
دوره تصدی رییس شورای مرکزی مدت (3) سال است و انتخاب مجدد او مشروط به تحقق شرایط فوق بلامانع می‌باشد.
فصل نهم : رییس سازمان
از
آیین نامه اجرایی قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان
وظایف و اختیارات رییس سازمان به شرح زیر تعیین می‌شود:
الف - رییس سازمان بالاترین مقام اجرایی و اداری سازمان بوده و نمایندگی سازمان را در مراجع ملی و بین المللی بر عهده دارد.
ب - مسئولیت اجرای مصوبات شورای مرکزی.
پ - نظارت بر عملکرد سازمان و تهیه پیشنهادات و توصیه های لازم به منظور تحقق اهداف مندرج در قانون و اصلاح خط مشی سازمان و ارایه آن به شورای مرکزی.
ت - نظارت بر عملکرد نظام مهندسی استانها با هماهنگی شورای مرکزی به منظور حسن جریان امور و حفظ حقوق، منافع، حیثیت، شوونات حرفه ای و اموال سازمان و ارایه نظرات، پیشنهادات و توصیه های لازم به نظام مهندسی استانها و ارایه گزینش آن به شورای مرکزی.
ث - انتخاب و پیشنهاد مدیر برای اداره صندوق مشترک نظام مهندسی استانها به شورای مرکزی جهت تصویب.
ج - کنترل و نظارت بر عملکرد مدیر صندوق مشترک.
چ - پیشنهاد برنامه و بودجه سالانه به شورای مرکزی.
ح - امضای کلیه مکاتبات عادی و جاری سازمان و احکام مدیر صندوق مشترک و کارکنان سازمان و سایر مواردی که به او تفویض اختیار می‌شود.
خ - افتتاح جلسات هیأت عمومی در مواقعی که دعوت کننده شورای مرکزی است.
د - ارایه گزارشهای لازم به وزیر مسکن و شهرسازی درباره مسائلی که مورد استعلام قرار می‌گیرد.
ذ - ابلاغ دستورالعملها و مصوبات و بخشنامه های وزارت مسکن و شهرسازی به نظام مهندسی استانها.
ر - انتقال نظرات، پیشنهادات و توصیه های وزارت مسکن و شهرسازی به اعضای شورای مرکزی و سایر اعضای نظام مهندسی استانها و نظارت بر رعایت آنها.
ز - انجام سایر وظایفی که از طرف هیأت عمومی یا شورای مرکزی به رییس سازمان محول می‌شود و همچنین وظایفی که به منظور اداره سازمان ضروری است.
الف - رییس سازمان بالاترین مقام اجرایی و اداری سازمان بوده و نمایندگی سازمان را در مراجع ملی و بین المللی بر عهده دارد.
ب - مسئولیت اجرای مصوبات شورای مرکزی.
پ - نظارت بر عملکرد سازمان و تهیه پیشنهادات و توصیه های لازم به منظور تحقق اهداف مندرج در قانون و اصلاح خط مشی سازمان و ارایه آن به شورای مرکزی.
ت - نظارت بر عملکرد نظام مهندسی استانها با هماهنگی شورای مرکزی به منظور حسن جریان امور و حفظ حقوق، منافع، حیثیت، شوونات حرفه ای و اموال سازمان و ارایه نظرات، پیشنهادات و توصیه های لازم به نظام مهندسی استانها و ارایه گزینش آن به شورای مرکزی.
ث - انتخاب و پیشنهاد مدیر برای اداره صندوق مشترک نظام مهندسی استانها به شورای مرکزی جهت تصویب.
ج - کنترل و نظارت بر عملکرد مدیر صندوق مشترک.
چ - پیشنهاد برنامه و بودجه سالانه به شورای مرکزی.
ح - امضای کلیه مکاتبات عادی و جاری سازمان و احکام مدیر صندوق مشترک و کارکنان سازمان و سایر مواردی که به او تفویض اختیار می‌شود.
خ - افتتاح جلسات هیأت عمومی در مواقعی که دعوت کننده شورای مرکزی است.
د - ارایه گزارشهای لازم به وزیر مسکن و شهرسازی درباره مسائلی که مورد استعلام قرار می‌گیرد.
ذ - ابلاغ دستورالعملها و مصوبات و بخشنامه های وزارت مسکن و شهرسازی به نظام مهندسی استانها.
ر - انتقال نظرات، پیشنهادات و توصیه های وزارت مسکن و شهرسازی به اعضای شورای مرکزی و سایر اعضای نظام مهندسی استانها و نظارت بر رعایت آنها.
ز - انجام سایر وظایفی که از طرف هیأت عمومی یا شورای مرکزی به رییس سازمان محول می‌شود و همچنین وظایفی که به منظور اداره سازمان ضروری است.