نگهداری محکومان و متهمان در یک مکان ممنوع است. نگهداری متهمان در بازداشتگاه ها و زیر نظر سازمان صورت می‌گیرد. متهم بازداشتی حداکثر تا زمان صدور رأی دادگاه در بازداشتگاه عمومی نگهداری می‌شود، مگر آنکه به دستور مقام قضایی یا مطابق با مصوبات کلی شورای مرکزی طبقه بندی، نگهداری وی در بازداشتگاه امنیتی، نظامی و یا انتظامی که زیر نظر سازمان تشکیل شده و تحت نظارت سازمان می‌باشد، ضروری تشخیص داده شود. حضور محکومان در بازداشتگاه مطلقاً ممنوع است. متهم، زندانی محسوب نمی گردد و محل نگهداری او در هر حال حتی در قرنطینه یا واحد تشخیص و محوطه هواخوری باید جدا از محکومان باشد. تا هنگامی که بازداشتگاه های موضوع این آیین نامه ایجاد نشده است، در نزدیکترین موسسه، محل جداگانه و طبقه بندی شده‌ای برای نگهداری متهمان تحت قرار در نظر گرفته می‌شود. کلیه ضوابط و مقررات اداری، امنیتی، انضباطی، بهداشتی، درمانی، فرهنگی، مشاوره و مددکاری و اصول طبقه بندی مربوط به موسسه های کیفری، با رعایت حداکثری حقوق متهمان و حداقل محدودیت ها، در بازداشتگاه ها نیز حاکم است. بازداشتگاه ها باید از حیث امکانات و امور رفاهی، در مقایسه با زندان ها از حداکثر امکانات برخوردار باشند. به محض ابلاغ رأی یا برگ اعلام محکومیت اعم از قطعی و غیر قطعی، محکومٌ علیه حسب مورد از بازداشتگاه به ندامتگاه عمومی و یا اردوگاه کاردرمانی منتقل می‌شود.