شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه 454 مورخ 30 /9 /78 ماده 5 اساسنامه جهاد دانشگاهی (ابلاغیه شماره 2934 /د ش مورخ 1378/8/27) را با اصلاحاتی به این شرح تصویب کرد:
ماده 5: هیات امناء به عنوان عالی ترین مرجع سیاستگذاری جهاد متشکل از این افراد است:
1- رئیس جهاد دانشگاهی (رئیس هیات امناء).
2- وزیر فرهنگ و آموزش عالی یا نماینده ایشان.
3- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی یا نماینده ایشان.
4- رئیس سازمان برنامه و بودجه یا نماینده ایشان.
5- دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی.
6- رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها یا یکی از اعضای شورای نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاهها به انتخاب آن شورا.
7- سه نفر از شخصیتهای علمی، فرهنگی و اجتماعی یا اعضای هیات علمی جهاد دانشگاهی به پیشنهاد رئیس جهاد دانشگاهی و بر اساس ماده 2 اصلاحی قانون تشکیل هیئتهای امناء دانشگاهها.
تبصره: احکام اعضای هیات امنا از سوی رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی و به مدت چهار سال صادر خواهد شد.
رئیس جمهور و رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی - سید محمد خاتمی