ماده 65 قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور
الف - مدیران سازمان های مناطق آزاد به نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب می شوند و کلیه وظایف، اختیارات و مسئولیت های دستگاههای اجرایی دولتی مستقر در این مناطق به استثنای نهادهای دفاعی و امنیتی به عهده آنها است. سازمان های مناطق آزاد منحصرا براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره می شوند.
تبصره 1- واگذاری وظایف، اختیارات و مسئولیت های دستگاههای تحت نظر مقام معظم رهبری، با موافقت ایشان صورت می پذیرد.
تبصره 2- اختیارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد به مدیر سازمان منطقه آزاد واگذار می شود.
ب - کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به هنگام ورود به سایر نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی به کار رفته در آن، تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
تبصره 1- مواد اولیه و کالاهای واسطه ای خارجی به کار رفته در تولید، مشروط به پرداخت حقوق ورودی، در حکم مواد اولیه و کالای داخلی محسوب می شود.
تبصره 2- مواد اولیه و قطعات خارجی به کار رفته در کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که در گذشته از سایر مناطق کشور به منطقه ارسال شده و در تولید و یا پردازش محصولی که به کشور وارد می شود، به کار گرفته شود در حکم مواد اولیه تلقی می شود و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
پ - هزینه های بندری مربوط که طبق قوانین جاری از کشتیها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت می شود در صورتی که این بنادر توسط بخشهای خصوصی، تعاونی و مناطق آزاد تجاری - صنعتی در محدوده مناطق آزاد ایجاد شده باشند، توسط سازمان های مناطق آزاد مربوطه اخذ می شود. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخیص کشتیها طبق قوانین جاری و بین المللی اقدام کنند.
ت - مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به استثنای عوارض موضوع ماده (10) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 1372/06/07)، مالیات و حقوق ورودی معاف می باشند.
ث - به منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بین المللی، ایجاد نمایندگی دانشگاههای داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانه های ذی ربط و تاسیس دانشگاههای خصوصی در مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.
ج - محدوده آبی مناطق آزاد تجاری - صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی که به تایید ستاد کل نیروهای مسلح می رسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین می شود و از امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی ایران مصوب 1372/06/07 و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.
چ - به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری، سازمان های مناطق آزاد موظفند حداقل یک درصد (1 %) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی به محرومان و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.