شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه 660 مورخ 1389/1/24 و بنا به پیشنهاد مورخ 1388/12/15 تولیت مدرسه عالی شهید مطهری، ماده واحده «تغییر نام مدرسه عالی شهید مطهری به دانشگاه شهید مطهری» را به شرح ذیل، تصویب نمود:
ماده واحده - به منظور توسعه رشته ها و دانشکده های وابسته به مدرسه عالی شهید مطهری و جذب فراگیر نیروهای کیفی و تعلیم و تربیت انسان های عالم و مهذب در این دانشکده ها، عنوان و نام رسمی مدرسه عالی شهید مطهری به دانشگاه شهید مطهری تغییر می یابد.
تبصره 1 - روند توسعه دانشگاه، منطبق با ضوابط شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صورت می پذیرد.
تبصره 2 (اصلاحی 1396/10/19)- به منظور حفظ اثر میراثی و سابقه تاریخی و حوزوی مدرسه عالی شهید مطهری، مسجد و محل کنونی این مدرسه کماکان با نام مدرسه عالی و در چارچوب وقف نامه مورد استفاده قرار خواهد گرفت و تمامی واحدهای دانشگاهی، وابسته به مدرسه عالی میباشد و ریاست دانشگاه شهید مطهری با تولیت مدرسه عالی شهید مطهری یا شخص واجد شرایطی که وی منصوب می نماید، خواهد بود.
رئیس جمهور و رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی - محمود احمدی نژاد