شورای عالی در جلسه 1386/7/9 خود پیرو صورتجلسه مورخ 1386/5/15 مقرر نمود: با توجه به سوالات و ابهامات موجود پیرامون مسئولیت تشخیص مغایرت اساسی طرح ها ی تفصیلی با طرح جامع شهرها، متن ماده 5 مصوبه تفویض اختیار به شرح زیر اصلاح گردد:
5- بررسی مغایرت های اساسی نیز در چارچوب سقف های جمعیتی تعیین شده در این مصوبه حسب مورد در شورای برنامه ریزی و توسعه استان و یا شورای عالی صورت می پذیرد.
تشخیص نهایی مغایرت اساسی در چارچوب ماده 45 آیین نامه نحوه بررسی و تصویب طرح های توسعه عمران در مورد شهرهای کمتر از 100000 نفر بر اساس معیارهای مصوب شورای عالی با رئیس سازمان مسکن و شهرسازی استان و در مورد شهرهای بالاتر از 100000 نفر، شهرهای جدید و شهرکها این مسئولیت با دبیر شورای عالی میباشد.
گردش کار تفصیلی این موضوع توسط دبیرخانه شورای عالی تهیه و به استان ها ابلاغ خواهد گردید.
تبصره 1- دبیرخانه شورای عالی مکلف است دستورالعمل تشخیص اساس طرح جامع شهر، مصوب 1363/12/23 شورای عالی و اصلاحیه های بعدی آن را، حداکثر ظرف مدت 3 ماه بازنگری نموده و پس از تصویب شورای عالی مبنای اقدامات بعدی قرار دهد.
تبصره 2- در صورتی که مواردی از تصمیمات کمیسیون ماده 5 شهرهای زیر 100000 نفر توسط دبیرخانه شورای عالی مغایر با اساس طرح جامع شهر تشخیص داده شود، موضوع باید در شورای برنامه ریزی و توسعه استان طرح و مورد تصمیم گیری قرار گیرد.