اهم وظایف مسئول واحد امور قضایی موسسه به شرح زیر است:
الف - مدیریت و نظارت بر اجرای فرایند پذیرش زندانی؛
ب - ثبت اطلاعات مربوط به وضعیت قضایی زندانی و یا نظارت بر ثبت این اطلاعات از سوی مددکاران قضایی یا کارشناسان اجرای احکام موسسه؛
پ - ثبت و یا نظارت بر ورود سیستمی اطلاعات قرارها، احکام، اوراق و دستورات قضایی از سامانه های قوه قضاییه به سامانه سجازا و درج اوراق قضایی در پرونده مربوط، به روزرسانی و تطبیق اطلاعات سامانه و پرونده زندانی با وضعیت وی، خلاصه نویسی، اسکن و برگ شماری اوراق پرونده کاغذی و تکمیل پرونده الکترونیکی؛
ت - نظارت بر مدیریت بخش تشخیص موسسه و کیفیت تکمیل اطلاعات پرونده وضعیت زندانی توسط واحدهای ذی ربط؛
ث - تهیه خلاصه گزارش از وضعیت قضایی موسسه به منظور بهرهبرداری در جلسات شوراهای طبقه بندی و انضباطی؛
ج - پیگیری درخواست های قانونی زندانی ازجمله تقاضای انتقال به زندان محل اقامتگاه و همچنین نظارت بر عملکرد مددکاران قضایی در راستای اعمال به موقع معاضدت قضایی و ارفاق های قانونی و حسب مورد انعکاس به شورای طبقه بندی و مراجع قضایی؛
چ - ابلاغ به موقع دادنامه، احضاریه، اخطاریه و دیگر اوراق قضایی یا اداری به زندانی و ارسال نتیجه ابلاغ به مرجع قضایی، مطابق قوانین و مقررات؛
ح - اجرای فوری دستورهای قضایی از قبیل دستورهای راجع به حبس، حبس بدل از جزای نقدی یا ناشی از محکومیت های مالی، عفو و تخفیف مجازات، آزادی مشروط و یا تعلیق و توقف اجرای حکم؛
خ - نظارت بر اعمال تقویم و ثبت محکومیت ها در پرونده الکترونیکی و آزادی بهموقع زندانی و در صورت لزوم پیگیری از طریق مراجع قضایی؛
د - پیگیری وضعیت قضایی متهمان و محکومان دارای محکومیت غیر قطعی، از طریق مکاتبه با مراجع قضایی در خصوص رعایت مواعد قانونی برای بازنگری در قرار تأمین؛
ذ - گزارش اجرای محکومیت یا اعلام آزادی به مراجع ذی ربط و درخواست رفع ابهامات مربوط به اجرا از قاضی اجرا و اعلام محکومیت های متعدد به منظور اعمال مقررات تعدد؛
ر - فراهم کردن مقدمات لازم برای اعزام به موقع زندانی به مراجع قضایی، قانونی، درمانی، پزشکی قانونی و یا محل اجرای مجازات، خروج زندانی از موسسه و تحویل به مراجع انتظامی یا اطلاعاتی و نظارت و پیگیری عودت زندانی به موسسه در مواعد مقرر؛
ز - همکاری با بهداری در امور مربوط به زندانی بیمار و گزارش وضعیت وی به مقام مافوق؛
ژ - فراهم کردن تمهیدهای لازم به منظور دسترسی متهم به کفیل یا وثیقهگذار، در وقت اداری و یا خارج از آن. در این موارد واحد کشیک قضایی مستقر در موسسه باید حتیالمقدور بدون مطالبه پرونده اقدام کند.
س - نظارت بر حضور کارشناسان اجرای احکام یا مددکاران قضایی به صورت نوبتکاری شبانهروزی در خارج از ساعات اداری و روزهای تعطیل، جهت ارائه خدمات مستمر در واحد امور قضایی موسسه در موارد فوری و ضروری.
تبصره - چنانچه مسئول واحد امور قضایی در راستای تکالیف خود با حکم یا قرار غیر قانونی یا نامتناسب منجر به بازداشت و یا دستور قضایی مغایر با سیاستهای مصوب شورای مرکزی طبقه بندی ویا مغایر با مصوبات شورای طبقه بندی مواجه شود، مراتب را به رئیس موسسه اعلام می کند.