اهداف سازمان عبارتند از:
الف - تلاش در جهت تحقق بخشیدن به ارزشهای عالیه اسلامی در کلیه امور پزشکی.
ب - تلاش در جهت پیشبرد و اصلاح امور پزشکی.
ج - مشارکت در جهت ارتقاء سطح دانش پزشکی.
د - حفظ و حمایت از حقوق بیماران.
ه- حفظ و حمایت از حقوق صنفی شاغلان حرف پزشکی.
و - تنظیم روابط شاغلین حرف پزشکی با دستگاه‌های ذی ربط در جهت حسن اجرای موازین و مقررات و قوانین مربوط به امور پزشکی.