صندوق دارای ارکان زیر است که حدود وظایف و اختیارات هر یک در اسناسنامه تعیین می‌شود:
الف - هیات امنای صندوق با حضور وزیر امور اقتصادی و دارایی (به عنوان رئیس هیات امنا) و وزرای کشور، راه و شهرسازی، تعاون، کار و رفاه اجتماعی، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، یکی از نمایندگان عضو کمیسیون اقتصادی به انتخاب مجلس شورای اسلامی (به عنوان ناظر)، رئیس سازمان برنامه و بودجه کشور، رئیس کل بیمه مرکزی جمهوری اسلامی ایران، رئیس سازمان مدیریت بحران کشور و رئیس بنیاد مسکن انقلاب اسلامی تشکیل می شود. رئیس شورای عالی استان ها بدون حق رای در جلسات هیات امنای صندوق، شرکت خواهد کرد.
ب- هیات عامل صندوق متشکل از رئیس هیات عامل و چهار عضو به عنوان معاونان رئیس می باشد. رئیس هیات عامل با پیشنهاد رئیس کل بیمه مرکزی جمهوری اسلامی ایران و تایید هیات امنای صندوق تعیین و با حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می شود. معاونان رئیس با پیشنهاد رئیس هیات عامل صندوق و تایید هیات امنا تعیین و با حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می شوند. مدت تصدی اعضای هیات عامل چهار سال است و انتخاب مجدد آنها بلامانع می باشد.
پ - بازرس قانونی و حسابرس صندوق از بین سازمان حسابرسی و موسسات عضو جامعه حسابداران رسمی توسط هیات امنا انتخاب می شود.
تبصره - ماموریت های محوله مانع از نظارت دیوان محاسبات نخواهد بود.