تأسیس، احداث و اداره کلیه موسسه های کیفری و تغییر محل آن از وظایف و اختیارات سازمان است. تشکیل زندان و بازداشتگاه اختصاصی توسط مراجع قضایی، اجرایی، امنیتی، نظامی و انتظامی ممنوع است.
تبصره 1- تأسیس و اداره بازداشتگاه های عمومی و نظامی مطابق مقررات این آیین نامه و بازداشتگاه های انتظامی و امنیتی مطابق آیین نامه های اختصاصی مربوط است و در موضوعاتی که آیین نامه های مذکور مسکوت است، مقررات این آیین نامه حاکم میباشد. تحت نظرگاه های ضابطان قضایی و بازداشتگاه های انضباطی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران از شمول این آیین نامه خارج است.
تبصره 2- سازمان برنامه ریزی و اقدامات لازم را برای اعزام هیأت های بازرسی (در سطوح معاونان سازمان، مدیران کل ستادی و استانی و مسئولان واحد بازرسی زندان های هر استان) حداقل هر سه ماه یک بار از تمام بخش های بازداشتگاه های امنیتی، نظامی و انتظامی به عمل می آورد و نتایج حاصله از کل بازرسی های مربوط در سطح کشور را به رئیس قوه قضائیه گزارش نماید. مسئولان بازداشتگاه های مذکور موظفند حداکثر همکاری لازم را جهت اجرای مقررات، انجام بازرسی، پاسخ سریع به استعلامات مسئولان سازمان و مدیران کل زندان های سراسر کشور و همچنین ثبت فوری اطلاعات بازداشت شدگان در سامانه سجازا (با دسترسی محدود، صرفاً برای دادستان کل کشور، رئیس و معاون قضایی سازمان زندان ها، دادستان های مراکز استان و مدیران کل زندان ها) به عمل آورند. در غیر این صورت سازمان به قید فوریت ضمن انعکاس موضوع به رئیس قوه قضائیه و بالاترین مقام نهاد امنیتی، نظامی و یا انتظامی مربوط، حسب مورد نسبت به اعلام جرم علیه شخص یا اشخاص خاطی، تغییر مدیریت بازداشتگاه و یا تعطیلی آن مرکز اقدام نماید.