اهم وظایف نماینده ولی فقیه درصورت تعیین به شرح زیر می‌باشد:
۱ - پیشنهاد سیاستهای لازم برای حفظ و ترویج فرهنگ شهادت‌طلبی و ایثار در جامعه و ارائه آن به هیأت امناءجهت تصویب.
۲ - نظارت بر امور فرهنگی جامعه هدف و حفظ و تعمیق و ترویج فرهنگ شهادت و ایثار در جامعه و نظارت بر اجرای آن.
۳ - تطبیق دستورالعملها و آیین‌نامه‌های داخلی با موازین شرعی و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری.
۴ - اعمال اختیارات شرعی تفویض شده از سوی مقام معظم رهبری.
۵ (منسوخه ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگزاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصله از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای‌اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعا تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری مدظله در جهت تحقق اهداف‌عالیه بنیاد.
۶(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- ارایه برنامه‌های عقیدتی - سیاسی جهت رشد و ارتقاء خصوصیات فکری و اخلاقی خدمتگزاران جامعه هدف و ارتقاء جو معنوی بنیاد.
۷ - نظارت بر حسن جریان امور بنیاد.