در موارد زیر با حفظ سوابق موجود،گواهی الکترونیکی توسط مرکز میانی صادرکننده آن،ابطال می‌شود:
الف- درخواست ابطال توسط صاحب گواهی الکترونیکی و یا وکیل قانونی وی.
ب- تخطی صاحب گواهی الکترونیکی از تعهداتش.
پ- احراز صدور گواهی مبتنی بر اظهارات دروغ و اشتباه متقاضی.
ت- مشاهده تخلف صاحب گواهی و یا دفاتر ثبت‌نام و مرکز میانی از مندرجات این آیین‌نامه.در این صورت مرکز ریشه دستور ابطال گواهی را صادر نماید.
ث- احراز صدور گواهی الکترونیکی که شامل اطلاعات شخص ثالث بوده و گواهی بدون رضایت وی صادر شده باشد.
ج- افشای کلید خصوصی نزد سایر افراد غیر مجاز.