گمرک جمهوری اسلامی ایران سازمانی دولتی تابع وزارت امور اقتصادی و دارایی است که به عنوان مرزبان اقتصادی کشور نقش محوری و هماهنگ کننده را در مبادی ورودی و خروجی کشور دارد و مسئول اعمال حاکمیت دولت در اجرای قانون امور گمرکی و سایر قوانین و مقررات مربوط به صادرات و واردات و عبور (ترانزیت) کالا و وصول حقوق ورودی و عوارض گمرکی و مالیاتهای مربوطه و الزامات فنی و تسهیل تجارت است.
گمرک جمهوری اسلامی ایران برای انجام وظایف قانونی خود، سطوح واحدهای اجرائی مورد نیاز را بدون رعایت ضوابط و تقسیمات کشوری و ماده (30) قانون مدیریت خدمات کشوری، متناسب با حجم و نوع فعالیتها تعیین می نماید. تشکیلات گمرک و واحدهای اجرائی متناسب با وظایف و ماموریتهای محوله توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران تهیه می‌شود و پس از تایید وزیر امور اقتصادی و دارایی به تصویب هیات وزیران می رسد.
گمرک جمهوری اسلامی ایران شامل ستاد مرکزی گمرک ایران و گمرکهای اجرائی است.