فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مودیان به صورت زیر است:
الف - صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می‌ شود. در مورد مودیانی که مستقیماً با مصرف‌ کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می‌ شود.
ب - در صورتی که خریدار، مصرف ‌کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مودیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مودیان منتقل می‌ شود و به‌عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می‌ شود.
تبصره- مودیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مودیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب‌ ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می‌ باشد.
پ - در پایان هر دوره سه ‌ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مودی که عبارت است از ما به‌ التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می ‌شود.
در صورتی که مالیات فروش مودی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مودی موظف است ما به ‌التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می ‌کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلاً در صورتی که مالیات فروش مودی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه ما به ‌التفاوت را به مودی مسترد کند.
ت - پس از اتمام مواعید مقرر در ماده (۳) این قانون، مأموران مالیاتی جز در مواردی که در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند.
ث - به‌ منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مودیانی که عضو سامانه مودیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می ‌کنند، سامانه مودیان باید به گونه ‌ای طراحی شود که مودی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.
تبصره - گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت ‌شده توسط واردکنندگان را به سامانه مودیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.