رئیس بنیاد بالاترین مقام اجرایی بنیاد است که به پیشنهاد رئیس‌جمهور و تایید مقام معظم رهبری با حکم رئیس‌جمهور به‌مدت چهار‌سال منصوب و مسوولیت اداره امور بنیاد و اجرای برنامه‌ها را برعهده خواهد داشت و اهم وظایف او به شرح زیر است:
۱- تهیه، تدوین و پیشنهاد خط مشی‌ها و سیاستهای اجرایی، برنامه و بودجه سالانه، صورتهای مالی و گزارش عملکرد سالانه بنیاد به هیأت امنا برای‌اقدام لازم.
۲- تنظیم و تدوین آیین‌نامه‌های لازم و همچنین پیشنهاد اصلاح تشکیلات جهت تصویب به مراجع ذیربط.
۳- نمایندگی بنیاد در کلیه امور حقوقی و نزد کلیه مراجع اعم از قضایی، اداری و قانونگذاری و طرح و اقامه دعاوی و دفاع و جوابگویی به هرگونه‌دعاوی حقوقی، جزایی و اداری به طرفیت از بنیاد و انجام سایر فعالیتهای لازم برای استیفای حقوق بنیاد با حق تعیین وکیل یا نماینده و تفویض‌اختیارات لازم به‌آنان برای انجام امور محول و پایان دادن به دعاوی از طریق مصالحه و یا ارجاع به داوری با رعایت قوانین
۴(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انجام کلیه امور مالی، اداری، فرهنگی و اجتماعی، ازجمله عزل و نصب مدیران و صدور دستورالعملها و بخشنامه‌های لازم همچنین گشایش انواع‌حسابهای بانکی، انجام هر نوع معامله و هرگونه ارتباط با موسسات و سازمانهای دولتی، غیردولتی و اشخاص حقیقی یا حقوقی.
۵ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- اتخاذ تصمیم در مورد سرمایه گذاری از محل منابع در اختیار بنیاد در چهارچوب سیاستهای مصوب هیأت امناء.
۶ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه پیش نویس آئین نامه ها و ارائه آنها به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و ارائه پیشنهاد اصلاح و یا تغییر مواد اساسنامه به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه تشکیلات تفصیلی بنیاد و تصویب در هیأت امناء.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انعقاد هرگونه قرارداد و تغییر و تبدیل و یا فسخ و اقاله آن و خرید و فروش و معاوضه اموال و ماشین آلات و برگزاری مناقصه و مزایده در حدود آئین‌نامه‌های مالی و معاملاتی.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- قبول اموال واحدهای اقتصادی و سهام یا سهام الشرکه به نحوی که متضمن صرفه و صلاح بنیاد باشد.
۱۱ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تأسیس، ادغام، انحلال یا واگذاری شرکتها و واحدهای اقتصادی بنیاد در چهارچوب قوانین و مقررات و مصوبات هیأت امناء.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- رئیس بنیاد می‌تواند با حفظ مسوولیت، بخشی از وظایف و اختیارات خود را به هر یک از کارکنان تفویض نماید.