در مواردی که به تشخیص دادستان اجرای مجازات رجم میسر نباشد و دادگاه نیز وفق ماده (225) قانون مجازات اسلامی پیشنهاد تبدیل مجازات را به رئیس قوه قضاییه نداده باشد، دادستان مراتب را به دادگاه پیشنهاد می دهد. دادگاه در صورت تایید، پرونده را از طریق رئیس کل دادگستری استان به معاونت قضایی ارسال می کند. در صورت موافقت رئیس قوه قضاییه با تبدیل مجازات رجم، پرونده جهت صدور حکم جدید به دادگاه ارسال می‌شود و در صورت عدم موافقت، مقدمات اجرای مجازات رجم فراهم می‌شود.
گفتار اول - نحوه اجرای مجازات رجم
از
آیین‌نامه نحوه اجرای احکام حدود، سلب حیات، قطع عضو، قصاص نفس و عضو و جرح، دیات، شلاق، تبعید، نفی بلد، اقامت اجباری و منع از اقامت در محل یا محل‌های معین
در صورت رضایت محکوم و ساعاتی پیش از اجرای حکم رجم و ترجیحاً در شب اجرای مراسم مذهبی توسط فرد بصیر و آگاه به مسائل مذهبی و در غیاب وی توسط قاضی اجرای احکام کیفری انجام و به وی تفهیم می‌شود تا چنانچه اظهاراتی مانند توبه یا وصیت دارد اعلام کند. همچنین انجام غسل میت و تحنیط و تکفین توسط محکوم را به وی یادآوری می کند.
مرد را هنگام رجم تا نزدیکی کمر و زن را تا سینه در گودال قرار می دهند به نحوی که دست ها خارج از گودال و آزاد باشد.
در اجرای مجازات رجم بزرگی سنگ نباید به اندازه ای باشد که محکوم با اصابت یک یا دو عدد کشته شود. همچنین کوچکی آن نباید به اندازه ای باشد که عنوان سنگ بر آن صدق نکند.
قاضی اجرای احکام کیفری پیش از اجرای مجازات رجم با هماهنگی ماموران ذی ربط اقدامات انجام یافته به شرح مواد فوق را بررسی کرده و در صورت تایید، مراتب را برای ضبط در پرونده صورت مجلس می کند.
هرگاه زنای محصنه با اقرار یا علم قاضی ثابت شده باشد، هنگام رجم ابتدا قضات صادرکننده حکم بدوی سنگ می زنند و سپس دیگران و در صورتی که با شهادت شهود ثابت شده باشد، ابتدا شهود و سپس قضات صادرکننده حکم بدوی و پس از آن دیگران سنگ می زنند.
تبصره 1 - چنانچه در اجرای ماده (477) قانون آیین دادرسی کیفری، قضات دیوان عالی کشور رای قطعی صادر نمایند، ابتدا قضات صادرکننده این حکم سنگ می زنند.
تبصره 2 - عدم حضور یا عدم اقدام قضات صادرکننده حکم با برخی از آنان برای زدن اولین سنگ مانع اجرای حد نیست.
حضور شهود هنگام اجرای حد رجم ضروری است اما غیبت یا عدم اقدام آنان به زدن سنگ موجب سقوط حد نیست.
هرگاه محکوم به رجم از گودالی که در آن قرار گرفته فرار کند، در صورتی که زنای او با شهادت ثابت شده باشد، برای اجرای حد رجم برگردانده می‌شود و اگر با علم قاضی یا اقرار ثابت شده باشد، محکوم برگردانده نمی شود.