رئیس موسسه و در غیاب وی بالاترین مقام مسئول در موسسه میتواند زندانیانی را که در نظم موسسه اخلال کردهاند، حداکثر به مدت 24 ساعت جداسازی و در اول وقت اداری مراتب را به شورای طبقه بندی و شورای انضباطی گزارش کند. شورای طبقه بندی بر اساس ماده 28 اتخاذ تصمیم می کند. وضعیت زندانیان یا متهمانی که به دلیل داشتن حالت خطرناک و یا اخلال در نظم عمومی و اذیت و آزار دیگر زندانیان، مطابق تصمیم شورای طبقه بندی موسسه، جداسازی شده و در محل جداگانه در موسسه نگهداری می‌شوند، بلافاصله به مسئول واحد بهداری و واحد مشاوره موسسه و حداکثر ظرف 24 ساعت به قاضی اجرا و دادستان شهرستان گزارش می‌شود. لازم است زندانی در این شرایط نیز به صورت روزانه از ملاقات با پزشک یا مسول بهداری، استحمام، کتاب خوانی، مشاوره روانشناس یا روحانی موسسه و همچنین از هواخوری (حداقل یک ساعت در روز) جدا از دیگران، بهره‌مند باشد.