هر موسسه با ثبت و به روز رسانی اطلاعات لازم در «سامانه جامع اطلاعات زندانیان» برای هر زندانی یا مددجو سه پرونده اصلی تحت عناوین «پرونده وضعیت»، «پرونده رفتاری» و «پرونده نظارتی» تهیه می‌نماید. «پرونده وضعیت» مشتمل بر بخش های فرعی و تخصصی زیر است که در بخش«پذیرش و تشخیص» تشکیل و متعاقباً تکمیل میگردد:
الف - «پرونده اجرای احکام» با مسئولیت واحد امورقضایی موسسه؛
ب - «پرونده شخصیت» با مسئولیت واحد بهداشت و درمان؛
پ - «پرونده سلامت» با مسئولیت واحد بهداشت و درمان؛
ت - «پرونده مددکاری اجتماعی» شامل بخشهای مالی، خانوادگی، اجتماعی، آموزشی، شغلی و مهارتی، با مسئولیت واحد اصلاح و تربیت؛
تبصره - پروندههای فوق باید در مرحله پذیرش و تشخیص به صورت الکترونیکی توسط کارشناسان ذی‌صلاح واحد ذی ربط تشکیل گردد و تا زمانی که زیرساخت فنی مناسب، برای سامانه الکترونیکی پروندههای مذکور فراهم نشده باشد، الزاماً باید پرونده‌ها به صورت کاغذی تهیه و نگهداری شود. در هر حال پرونده اجرای احکام به دو صورت الکترونیکی و کاغذی تهیه میگردد؛