مودی مکلف است حداکثر تا پایان ماهِ پس از انقضای هر دوره مالیاتی، کل مالیات و عوارضی را که طی آن دوره به فروش کالا و یا ارائه خدمات توسط وی تعلق گرفته است، با رعایت تبصره (2) این ماده و پس از کسر اعتبار مالیاتی خود، به ترتیبی که سازمان مقرر می کند، پرداخت نماید.
تبصره 1 - مطابق این قانون، اصل بر نقدی بودن معاملات است؛ مگر اینکه نسیه بودن معاملات و دریافت و پرداخت های مرتبط با آن در سامانه مودیان ثبت شده و به تایید طرفین رسیده باشد. در مواردی که معامله یا قرارداد در سامانه مودیان ثبت نشده باشد، آن معامله یا قرارداد، نقدی تلقی می شود.
تبصره 2 - در معاملات غیرنقدی نظیر فروش اقساطی و اجاره به شرط تملیک و قراردادهای پیمانکاری و مشاوره ای، تاریخ تعلق مالیات و عوارض همان تاریخ صدور صورتحساب است؛ لکن مودی با رعایت تبصره فوق مجاز است پرداخت مالیات و عوارض فروش این نوع معاملات را تا زمان پرداخت ثمن معامله توسط خریدار یا مبلغ قرارداد توسط کارفرما، متناسباً، به تاخیر بیندازد و سازمان تا زمان پرداخت مالیات و عوارض فروش این نوع معاملات توسط کارفرما یا خریدار، مودی را مشمول جریمه تاخیر در پرداخت نخواهد کرد. در خصوص معاملات مذکور، تا زمان پرداخت مالیات و عوارض توسط خریدار، اعتبار مالیاتی برای وی از این بابت منظور نخواهد شد.
تبصره 3 - کلیه کارفرمایان موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری مصوب 1386/7/8 و ماده (29) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 1391/52/14 موظفند علاوه بر ثبت اصل قرارداد پیمانکاری، کلیه پرداخت های خود به پیمانکار را نیز در سامانه مودیان ثبت نموده، همزمان با هر پرداخت، مالیات و عوارض متناسب با آن را به پیمانکار پرداخت کنند. چنانچه کارفرما از پرداخت مالیات و عوارض فروش خودداری کند، بعد از انقضای مهلت قانونی، اصل مالیات و عوارض و جریمه های متعلق به آن توسط سازمان از طریق عملیات اجرائی از کارفرما وصول و اصل مالیات و عوارض به حساب پیمانکار منظور خواهد شد.
تبصره 4 - پیمانکاران و مهندسان مشاور موضوع این ماده می توانند از اوراق تسویه خزانه موضوع ماده (2) قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب 1394/2/1 و اوراق مالی اسلامی که توسط دولت منتشر می شود (منوط به دریافت مستقیم از دولت) برای تسویه مالیات و عوارض خود استفاده نمایند. سازمان مکلف به پذیرش این اوراق به عنوان مالیات و عوارض به میزان ارزش تنزیل شده آن (با نرخ حفظ قدرت خرید اسناد خزانه یا نرخ سود اوراق مالی - اسلامی) متناسب با سالهای باقی مانده تا سررسید است. میزان مالیات وصولی از این محل به عنوان عملکرد وصولی نقدی سازمان در سال پذیرش اوراق محسوب می شود. در اجرای این تبصره سازمان مکلف است که معادل سهم عوارض از پذیرش اوراق مذکور را از محل وصولی های جاری به حساب عوارض شهرداری ها و دهیاری های مربوط منظور نماید.
تبصره 5 - چنانچه وجه واردات خدمت در دوره یا دوره های بعد پرداخت شود، مالیات و عوارض آن هم در همان دوره پرداخت می شود.