اهمّ واحدهای موسسه کیفری به شرح زیر است:
الف - واحد امور قضایی: واحدی است مشتمل بر بخشهای پذیرش، تشخیص، اجرای احکام و مددکاری قضایی، به منظور پذیرش زندانی، تشکیل پرونده و ثبت اطلاعات اولیه، نظارت بر عملکرد سایر واحدها از حیث ثبت اطلاعات تخصصی و تکمیلی در بخشهای مختلف «پرونده وضعیت» اتخاذ تمهیدات لازم برای طبقه بندی و تفکیک زندانیان مطابق با مصوبات شورای طبقه بندی، به روزرسانی اطلاعات مربوط به وضعیت قضایی، محاسبه مدت و تقویم محکومیت در پرونده اجرای احکام و سامانه سجازا، معاضدت قضایی و اجرای دستورها و آراء قضایی در موسسه؛
ب - واحد آمار و فناوری اطلاعات: به منظور پشتیبانی و اداره سامانه سجازا و نظارت فنی بر ثبت صحیح کلیه اطلاعات از جمله اطلاعات پرونده وضعیت، پرونده رفتاری، برنامه اصلاح و تربیت، امتیاز رفاهی، نمره اعتباری، شکایات و اعتراضات زندانیان و همچنین آموزش کاربران، هوشمندسازی برنامه ها با استفاده از ابزارهای نوین، حفظ اطلاعات و تهیه آمار زندانیان و انعکاس به موقع گزارش به رئیس موسسه و امکان برقراری ارتباط سامانه ای با دیگر مراجع ذی ربط؛
پ - واحد اصلاح و تربیت: به منظور اجرای برنامه های اصلاح وتربیت، مدیریت و برنامه ریزی در امور آموزشی، فرهنگی، تربیتی، مذهبی، هنری، ورزشی، حرفه‌آموزی و اشتغال با هدف بازاجتماعی کردن، توانمندسازی زندانیان و حمایت مادی و معنوی از زندانیان نیازمند و خانوادههای آنان توسط مددکاران اجتماعی و همچنین مشارکت در تکمیل پرونده وضعیت و تهیه و به روزرسانی پرونده رفتاری؛
ت - واحد بهداشت و درمان: به منظور حفظ و تأمین سلامت جسمی، روانی و نیازهای پزشکی و دارویی زندانیان و همچنین نظارت بر بهداشت عمومی و فردی، بهداشت محیط، بهداشت حرفه ای و تغذیه و مشارکت در تکمیل پرونده وضعیت از حیث بخش های سلامت و شخصیت؛
ث - یگان حفاظت: به منظور تأمین امنیت و حفاظت از موسسه و اعزام زندانی در حوزه قضایی مربوط و سایر امور محوله، براساس دستورالعمل تشکیل یگان های حفاظت در دستگاههای اجرایی (مصوب1396/12/14)؛
ج - واحد حفاظت و اطلاعات: به منظور جمعآوری محرمانه اخبار و اطلاعات و بررسی گزارشهای دریافتی و نظارت بر رفتار کلیه کارکنان موسسه، برای تأمین امنیت موسسه و تضمین اجرای مقررات و صیانت از شأن و مسئولیت کارکنان موسسه و گزارش جرایم و تخلفات کشف شده طبق ضوابط؛
چ - واحد ارزیابی عملکرد، بازرسی و پاسخگویی به شکایات: به منظور بازرسی و نظارت بر اجرای مقررات در تمام واحدها، ارزیابی عملکرد کارکنان موسسه و بررسی، پیگیری و پاسخگویی به شکایات و همچنین گزارش جرایم و تخلفات کشف شده به نحو مستدل و مستند، جهت انعکاس به مراجع قضایی و یا هیأت رسیدگی به تخلفات اداری؛
تبصره - تأسیس واحدهای دیگری غیر از موارد مذکور در این ماده، از قبیل واحد مبارزه با مواد مخدر، واحد مشاوره و خدمات روانشناختی، واحد ترک اعتیاد (اعم از دولتی و غیر دولتی)، واحد مددکاری اجتماعی، واحد مددکاری قضایی و واحد اشتغال، متناسب با نیازها و در حدود امکانات، با تشخیص مدیرکل زندان های هر استان و تأیید دفتر برنامه ریزی، نوسازی و تحول اداری در ستاد سازمان است.