ماخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات، در مورد مودیان عضو سامانه مودیان، ارزش فروش مندرج در صورتحساب الکترونیکی است که توسط آنان در سامانه مزبور ثبت شده است.
تبصره ۱ - ماخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات در مورد مودیانی که عضو سامانه مودیان نیستند و نیز مودیان متخلف موضوع ماده ‌(۹) قانون پایانه ‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، ارزش روز کالا یا خدمت در زمان تعلق می ‌باشد که توسط سازمان بر اساس اطلاعات موجود در سامانه مودیان، استعلام از مراجع ذی ‌صلاح یا تعیین کارشناس یا هیات کارشناسی مشخص می‌ شود. همچنین سازمان می ‌تواند برای تعیین ماخذ مشمول مالیات مودیان مزبور، از دفاتر، اسناد و مدارک (اعم از ‏الکترونیکی یا غیرالکترونیکی) آنها استفاده نماید. مودی مکلف است دفاتر، اسناد و مدارک مذکور را در صورت درخواست ماموران مالیاتی، کارشناس یا هیات کارشناسی به آنان ارائه کند.
تبصره ۲ - موارد زیر جزء ماخذ محاسبه مالیات و عوارض نمی‌ باشد:‏
الف‌ - انواع تخفیفات اعطائی؛
ب ‌- مالیات و عوارض موضوع این قانون که قبلاً توسط عرضه ‌کننده کالا یا ارائه ‌دهنده خدمت ‏پرداخت شده است؛
پ ‌- سایر مالیات‌های غیرمستقیم و عوارضی که به موجب قوانین موضوعه هنگام عرضه کالا ‏یا ارائه خدمت به آن تعلق گرفته است؛
ت ‌- وجوهی که به موجب سایر قوانین وصول می‌ شود و به حساب درآمد عمومی یا به حساب درآمد شهرداری ‌ها واریز می‌ گردد؛
ث ‌- کمک ‌های پرداختی شهرداری ‌ها و دهیاری ‌ها به سازمان‌ های غیرانتفاعی وابسته به خود طبق قوانین ‏و مقررات موضوعه، مشروط به آنکه مالیات متعلقه به عنوان بخشی از آن احتساب نشده ‏باشد؛
ج‌ - یارانه پرداختی دولت بابت جبران تمام یا قسمتی از قیمت کالاها و خدمات مشمول قیمت ‌گذاری؛ ‏مشروط به آنکه مالیات فروش به‌ عنوان بخشی از آن احتساب نشده باشد.
چ‌ - وجوهی که از ردیفهای بودجه ‌ای مصوب دستگاهها بین شرکتهای تابعه در قوانین بودجه سنواتی جا به‌ جا می ‌شود مشروط بر آنکه بابت خرید یا فروش کالا و خدمات نباشد.