منابع مالی بنیاد عبارتند از:
۱- کمکهای مقام معظم رهبری.
۲- کمکها و اعتبارات مصوب در بودجه عمومی کشور.
۳- درآمدهای حاصل از فعالیتهای اقتصادی بنیاد.
۴- هدایا و کمکهای بنیاد مستضعفان و سایر اشخاص حقیقی و حقوقی.