منابع مالی بنیاد عبارتند از:۱- کمکهای مقام معظم رهبری.۲- کمکها و اعتبارات مصوب در بودجه عمومی کشور.۳- درآمدهای حاصل از فعالیتهای اقتصادی بنیاد.۴- هدایا و کمکهای بنیاد مستضعفان و سایر اشخاص حقیقی و حقوقی.