وظایف رئیس جمهور در اجرای گزینش کشور به شرح ذیل می‌باشد:
۱ - تعیین سیاستها، خط مشی‌ها، تطبیق ضوابط مربوط به امر گزینش با موازین شرعی، تعیین ضوابط، تعیین شرایط و مرجع احراز توبه و‌تغییرات مربوطه.
۲ - ایجاد، تفکیک، ادغام و انحلال هیئت‌های مرکزی گزینش و عنداللزوم انحلال هسته‌ها.
۳ - تدوین و تصویب آیین‌نامه‌ها، دستورالعملها، بخشنامه‌ها، فرمهای لازم جهت حسن انجام امور گزینشی کشور.
۴ - بررسی و احراز صلاحیت اعضاء هیئتهای مرکزی، مسوول و معاونین دبیرخانه، مدیر و اعضاء هسته‌های گزینش کشور و عنداللزوم در سایر‌موارد مربوطه.
۵ - مرجع عالی تفسیر و توضیح آیین‌نامه‌ها، شرح وظایف، نظارت و بازرسی، هماهنگی، رسیدگی به شکایات، آموزش و پژوهش، احراز‌صلاحیت، ارزشیابی عملکرد، عزل و نصب کادر گزینش، بانک اطلاعاتی، زمان‌بندی، استفاده از تکنولوژی در گزینش کشور.
۶ - اعلام نظر نهایی نسبت به آرای صادره گزینشی، بودجه، تشکیلات، نیروی انسانی مورد نیاز هیئتهای مرکزی و هسته‌های گزینش و ارسال به‌ مراجع ذیربط جهت تصویب.
۷ - تعیین نمودار تشکیلاتی، تشکیلات تفصیلی و بودجه مورد نیاز هیئت عالی گزینش.
تبصره ۱ - مصوبات هیئت عالی گزینش پس از تأیید رئیس جمهور لازم‌الاجراء است.
تبصره ۲ - وظایف دبیر هیئت عالی گزینش در صورت تفویض رئیس جمهور عبارتست از:
۱ - اداره امور اجرایی هیئت عالی و دبیرخانه آن با نظر هیئت.
۲ - صدور احکام انتصابات طبق مقررات.
۳ - پیگیری و اجرای مصوبات هیئت عالی و انجام کلیه امور اجرایی گزینش کشور از قبیل آموزش و پژوهش، نظارت، بازرسی و پیگیری،‌هماهنگی، ارزشیابی و پیشنهاد عزل کادر گزینش.