وظایف کارگروه‌های کشوری و استانی به شرح زیر است:
الف- بررسی شرایط تأسیس و صدور مجوز اولیه و پروانه فعالیت تشکل؛
ب- احراز شرایط اعضای ارکان و مسئولان تشکل موضوع ماده (۵) این قانون؛
پ- بررسی و تأیید اساسنامه و تغییرات احتمالی آن؛
ت- نظارت ‌بر فعالیت تشکل‌ ها مطابق این قانون؛
ث- بررسی و اتخاذ تصمیم در مورد تخلفات موضوع این قانون؛
ج- بررسی گزارش‌های مالی و عملکرد سالانه تشکل ها؛
چ- رسیدگی به گزارش‌های مستند اشخاص حقیقی و حقوقی در رابطه با تشکل ها در چهارچوب این قانون؛
ح- توقیف پروانه فعالیت و معرفی تشکلها به دادگاه ذی‌صلاح جهت انحلال موضوع مواد (۱۱)، تبصره (۳) ماده (۱۵)، (۱۷) و (۱۸) این قانون.
تبصره- نماینده دستگاه اجرایی موضوع جزء(۸) بندهای «الف» و «ب» ماده (۲) مکلفند گزارش ارسالی سالانه ی فعالیت تشکل ها را مورد بررسی قرار داده و جمع بندی کارشناسی آن را در کارگروه ارائه نماید. ‌‌‌‌‌‌‌