عوارض و جریمه‌های آلایندگی موضوع ماده(۲۷) این قانون پس از واریز به حساب تمرکز وجوه اداره کل امور مالیاتی استان برای هر شهرستان به نسبت جمعیت بین شهرداری‌ها، دهیاری‌ها و فرمانداری‌های (سهم روستاهای فاقد دهیاری و مناطق عشایری) همان شهرستان توزیع می‌گردد. در صورتی که آلودگی واحدهای بزرگ تولیدی (پنجاه نفر و بیشتر) به بیش از یک شهرستان در یک استان سرایت کند، عوارض آلایندگی هر شهرستان به نسبت جمعیت، اثر‌پذیری و فاصله از واحد آلاینده، در کمیته‌ای مرکب از رئیس سازمان برنامه و بودجه استان و فرمانداران شهرستان‌های ذی‌ربط، مدیرکل محیط زیست و مدیرکل امور مالیاتی استان بین شهرستان‌های متاثر توزیع می‌شود.
تبصره۱- در صورتی که شهرستان‌های متاثر از آلودگی در دو یا چند استان واقع شده باشند، اعضای کمیته توزیع‌کننده عوارض آلودگی واحدهای بزرگ (پنجاه نفر و بیشتر) متشکل از نماینده سازمان برنامه و بودجه کشور، روسای سازمان‌های مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌های ذی‌ربط، نماینده سازمان حفاظت محیط زیست و نماینده ادارات کل امور مالیاتی استان‌های مربوطه براساس سیاست‌های اعلامی سازمان برنامه و بودجه کشور اقدام به توزیع عوارض آلایندگی می‌کنند.
تبصره۲- عوارض و جریمه‌های آلایندگی در مناطق آزاد تجاری- صنعتی و ویژه اقتصادی در مواردی که شهرداری و یا دهیاری در مناطق مذکور مستقر نمی‌باشد، حسب مورد به حساب منطقه آزاد تجاری- صنعتی و یا ویژه اقتصادی مربوط واریز می‌گردد.