ارکان بنیاد عبارتند از:
۱- هیأت امنا
۲- نماینده ولی‌فقیه در بنیاد (درصورت معرفی معظم‌له)
۳- رئیس بنیاد
(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- هیأت امنای بنیاد مرکب از هفت نفر به شرح زیر است:
- رییس جمهور به عنوان رییس هیأت امنا
- نماینده ولی‌فقیه در بنیاد (درصورت تعیین)
- رییس بنیاد به عنوان نایب رئیس هیأت امناء
- دو نفر از وزراء فرهنگی به انتخاب رئیس جمهور
- سه نفر از شخصیت‌ها و افراد بصیر در امور فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی ازمیان جامعه هدف به پیشنهاد رئیس بنیاد و تایید رئیس جمهور
-وزراء تعاون، کار و رفاه اجتماعی و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
تبصره (اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- یکی از معاونان بنیاد بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد و تأیید رئیس هیأت امناء به عنوان دبیر جلسه بدون حق رأی شرکت خواهد کرد.
وظایف و اختیارات هیأت امنا به شرح زیر است:
۱- پی‌گیری اوامر و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری
۲- تصویب خط مشی‌ها و سیاستهای کلی
۳- تصویب برنامه و بودجه سالانه تشکیلات
۴- تصویب صورت حساب عملکرد سالانه
۵- ارایه گزارش عملکرد سالانه بنیاد به مقام معظم رهبری و کسب رهنمودهای لازم
۶- تصویب سایر موضوعاتی که توسط رئیس بنیاد برای تحقق اهداف بنیاد ارایه می‌شود
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و تأیید تغییرات و اصلاحات اساسنامه پس از أخذ موافقت مقام‌معظم‌رهبری به منظور طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب آئین نامه‌های مالی و معاملاتی بنیاد در حدود قوانین و مقررات.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب ضوابط سرمایه گذاری شرکتهای وابسته.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگذاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصل از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعاً تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری در جهت اهداف عالیه بنیاد.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- دستورالعمل نحوه تشکیل جلسات و تصمیم‌گیری در اولین جلسه هیأت امناء بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد به تصویب هیأت امناء خواهد رسید.
۱- پی‌گیری اوامر و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری
۲- تصویب خط مشی‌ها و سیاستهای کلی
۳- تصویب برنامه و بودجه سالانه تشکیلات
۴- تصویب صورت حساب عملکرد سالانه
۵- ارایه گزارش عملکرد سالانه بنیاد به مقام معظم رهبری و کسب رهنمودهای لازم
۶- تصویب سایر موضوعاتی که توسط رئیس بنیاد برای تحقق اهداف بنیاد ارایه می‌شود
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و تأیید تغییرات و اصلاحات اساسنامه پس از أخذ موافقت مقام‌معظم‌رهبری به منظور طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب آئین نامه‌های مالی و معاملاتی بنیاد در حدود قوانین و مقررات.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب ضوابط سرمایه گذاری شرکتهای وابسته.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگذاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصل از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعاً تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری در جهت اهداف عالیه بنیاد.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- دستورالعمل نحوه تشکیل جلسات و تصمیم‌گیری در اولین جلسه هیأت امناء بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد به تصویب هیأت امناء خواهد رسید.
اهم وظایف نماینده ولی فقیه درصورت تعیین به شرح زیر می‌باشد:
۱ - پیشنهاد سیاستهای لازم برای حفظ و ترویج فرهنگ شهادت‌طلبی و ایثار در جامعه و ارائه آن به هیأت امناءجهت تصویب.
۲ - نظارت بر امور فرهنگی جامعه هدف و حفظ و تعمیق و ترویج فرهنگ شهادت و ایثار در جامعه و نظارت بر اجرای آن.
۳ - تطبیق دستورالعملها و آیین‌نامه‌های داخلی با موازین شرعی و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری.
۴ - اعمال اختیارات شرعی تفویض شده از سوی مقام معظم رهبری.
۵ (منسوخه ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگزاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصله از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای‌اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعا تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری مدظله در جهت تحقق اهداف‌عالیه بنیاد.
۶(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- ارایه برنامه‌های عقیدتی - سیاسی جهت رشد و ارتقاء خصوصیات فکری و اخلاقی خدمتگزاران جامعه هدف و ارتقاء جو معنوی بنیاد.
۷ - نظارت بر حسن جریان امور بنیاد.
۱ - پیشنهاد سیاستهای لازم برای حفظ و ترویج فرهنگ شهادت‌طلبی و ایثار در جامعه و ارائه آن به هیأت امناءجهت تصویب.
۲ - نظارت بر امور فرهنگی جامعه هدف و حفظ و تعمیق و ترویج فرهنگ شهادت و ایثار در جامعه و نظارت بر اجرای آن.
۳ - تطبیق دستورالعملها و آیین‌نامه‌های داخلی با موازین شرعی و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری.
۴ - اعمال اختیارات شرعی تفویض شده از سوی مقام معظم رهبری.
۵ (منسوخه ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگزاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصله از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای‌اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعا تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری مدظله در جهت تحقق اهداف‌عالیه بنیاد.
۶(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- ارایه برنامه‌های عقیدتی - سیاسی جهت رشد و ارتقاء خصوصیات فکری و اخلاقی خدمتگزاران جامعه هدف و ارتقاء جو معنوی بنیاد.
۷ - نظارت بر حسن جریان امور بنیاد.
رئیس بنیاد بالاترین مقام اجرایی بنیاد است که به پیشنهاد رئیس‌جمهور و تایید مقام معظم رهبری با حکم رئیس‌جمهور به‌مدت چهار‌سال منصوب و مسوولیت اداره امور بنیاد و اجرای برنامه‌ها را برعهده خواهد داشت و اهم وظایف او به شرح زیر است:
۱- تهیه، تدوین و پیشنهاد خط مشی‌ها و سیاستهای اجرایی، برنامه و بودجه سالانه، صورتهای مالی و گزارش عملکرد سالانه بنیاد به هیأت امنا برای‌اقدام لازم.
۲- تنظیم و تدوین آیین‌نامه‌های لازم و همچنین پیشنهاد اصلاح تشکیلات جهت تصویب به مراجع ذیربط.
۳- نمایندگی بنیاد در کلیه امور حقوقی و نزد کلیه مراجع اعم از قضایی، اداری و قانونگذاری و طرح و اقامه دعاوی و دفاع و جوابگویی به هرگونه‌دعاوی حقوقی، جزایی و اداری به طرفیت از بنیاد و انجام سایر فعالیتهای لازم برای استیفای حقوق بنیاد با حق تعیین وکیل یا نماینده و تفویض‌اختیارات لازم به‌آنان برای انجام امور محول و پایان دادن به دعاوی از طریق مصالحه و یا ارجاع به داوری با رعایت قوانین
۴(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انجام کلیه امور مالی، اداری، فرهنگی و اجتماعی، ازجمله عزل و نصب مدیران و صدور دستورالعملها و بخشنامه‌های لازم همچنین گشایش انواع‌حسابهای بانکی، انجام هر نوع معامله و هرگونه ارتباط با موسسات و سازمانهای دولتی، غیردولتی و اشخاص حقیقی یا حقوقی.
۵ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- اتخاذ تصمیم در مورد سرمایه گذاری از محل منابع در اختیار بنیاد در چهارچوب سیاستهای مصوب هیأت امناء.
۶ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه پیش نویس آئین نامه ها و ارائه آنها به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و ارائه پیشنهاد اصلاح و یا تغییر مواد اساسنامه به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه تشکیلات تفصیلی بنیاد و تصویب در هیأت امناء.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انعقاد هرگونه قرارداد و تغییر و تبدیل و یا فسخ و اقاله آن و خرید و فروش و معاوضه اموال و ماشین آلات و برگزاری مناقصه و مزایده در حدود آئین‌نامه‌های مالی و معاملاتی.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- قبول اموال واحدهای اقتصادی و سهام یا سهام الشرکه به نحوی که متضمن صرفه و صلاح بنیاد باشد.
۱۱ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تأسیس، ادغام، انحلال یا واگذاری شرکتها و واحدهای اقتصادی بنیاد در چهارچوب قوانین و مقررات و مصوبات هیأت امناء.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- رئیس بنیاد می‌تواند با حفظ مسوولیت، بخشی از وظایف و اختیارات خود را به هر یک از کارکنان تفویض نماید.
۱- تهیه، تدوین و پیشنهاد خط مشی‌ها و سیاستهای اجرایی، برنامه و بودجه سالانه، صورتهای مالی و گزارش عملکرد سالانه بنیاد به هیأت امنا برای‌اقدام لازم.
۲- تنظیم و تدوین آیین‌نامه‌های لازم و همچنین پیشنهاد اصلاح تشکیلات جهت تصویب به مراجع ذیربط.
۳- نمایندگی بنیاد در کلیه امور حقوقی و نزد کلیه مراجع اعم از قضایی، اداری و قانونگذاری و طرح و اقامه دعاوی و دفاع و جوابگویی به هرگونه‌دعاوی حقوقی، جزایی و اداری به طرفیت از بنیاد و انجام سایر فعالیتهای لازم برای استیفای حقوق بنیاد با حق تعیین وکیل یا نماینده و تفویض‌اختیارات لازم به‌آنان برای انجام امور محول و پایان دادن به دعاوی از طریق مصالحه و یا ارجاع به داوری با رعایت قوانین
۴(اصلاحی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انجام کلیه امور مالی، اداری، فرهنگی و اجتماعی، ازجمله عزل و نصب مدیران و صدور دستورالعملها و بخشنامه‌های لازم همچنین گشایش انواع‌حسابهای بانکی، انجام هر نوع معامله و هرگونه ارتباط با موسسات و سازمانهای دولتی، غیردولتی و اشخاص حقیقی یا حقوقی.
۵ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- اتخاذ تصمیم در مورد سرمایه گذاری از محل منابع در اختیار بنیاد در چهارچوب سیاستهای مصوب هیأت امناء.
۶ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه پیش نویس آئین نامه ها و ارائه آنها به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و ارائه پیشنهاد اصلاح و یا تغییر مواد اساسنامه به هیأت امناء جهت طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تهیه تشکیلات تفصیلی بنیاد و تصویب در هیأت امناء.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- انعقاد هرگونه قرارداد و تغییر و تبدیل و یا فسخ و اقاله آن و خرید و فروش و معاوضه اموال و ماشین آلات و برگزاری مناقصه و مزایده در حدود آئین‌نامه‌های مالی و معاملاتی.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- قبول اموال واحدهای اقتصادی و سهام یا سهام الشرکه به نحوی که متضمن صرفه و صلاح بنیاد باشد.
۱۱ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تأسیس، ادغام، انحلال یا واگذاری شرکتها و واحدهای اقتصادی بنیاد در چهارچوب قوانین و مقررات و مصوبات هیأت امناء.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- رئیس بنیاد می‌تواند با حفظ مسوولیت، بخشی از وظایف و اختیارات خود را به هر یک از کارکنان تفویض نماید.