جهت رسیدگی به اختلافات ناشی از اجرای قانون و قانون توزیع عادلانه آب - مصوب ۱۳۶۱ - کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی با ترتیب مقرر در تبصره (۵‏) قانون و با ترکیب زیر تشکیل می‌شود:
الف - یک نفر متخصص فنی آب با حداقل مدرک کارشناسی با گرایش آب های زیرزمینی و یا زمین شناسی و حداقل ده سال سابقه مفید در حفاظت یا مطالعات آب های زیرزمینی که عضو کمیسیون نباشد، با حکم مدیر عامل شرکت.
ب - یک نفر متخصص فنی آب و خاک با حداقل مدرک کارشناسی با گرایش آبیاری و زهکشی و حداقل ده سال سابقه مفید که عضو کمیسیون نباشد، با حکم رییس سازمان جهاد کشاورزی استان مربوط.
پ - یک نفر قاضی با حکم رییس قوه قضائیه.
تبصره ۱ - دبیرخانه کمیسیون موضوع ماده در شرکت مستقر بوده و دبیر آن به انتخاب و با حکم مدیر عامل شرکت از بین مدیران با سابقه مرتبط منصوب می‌شود.
تبصره ۲ - وظایف دبیرخانه کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیر زمینی موضوع این ماده به شرح زیر است:
الف - ثبت شکایت پس از ارایه آن (تسلیم شکایت)
ب - دریافت شکایت
‏پ - ارجاع شکایت به اعضای کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی موضوع ماده (۱۴) این آیین نامه برای بررسی اولیه
‏ت - کنترل اسناد و مستندات و تهیه گزارش لازم برای طرح در کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی موضوع ماده (۱۴‏) این آیین نامه
‏ث - اعلام و ابلاغ رأی کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی موضوع ماده (۱۴) این آیین نامه به شاکی
‏ج - تهیه لایحه دفاعیه از رأی کمیسیون در موارد تجدید نظر خواهی شاکی از دیوان عدالت اداری
چ - انجام مکاتبات ضروری و امور دبیرخانه ای