وظایف و اختیارات هیأت امنا به شرح زیر است:
۱- پی‌گیری اوامر و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری
۲- تصویب خط مشی‌ها و سیاستهای کلی
۳- تصویب برنامه و بودجه سالانه تشکیلات
۴- تصویب صورت حساب عملکرد سالانه
۵- ارایه گزارش عملکرد سالانه بنیاد به مقام معظم رهبری و کسب رهنمودهای لازم
۶- تصویب سایر موضوعاتی که توسط رئیس بنیاد برای تحقق اهداف بنیاد ارایه می‌شود
۷ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- بررسی و تأیید تغییرات و اصلاحات اساسنامه پس از أخذ موافقت مقام‌معظم‌رهبری به منظور طی مراحل تصویب.
۸ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب آئین نامه‌های مالی و معاملاتی بنیاد در حدود قوانین و مقررات.
۹ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- تصویب ضوابط سرمایه گذاری شرکتهای وابسته.
۱۰ (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- سیاستگذاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصل از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعاً تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری در جهت اهداف عالیه بنیاد.
تبصره (الحاقی ۱۳۸۷/۰۱/۱۸)- دستورالعمل نحوه تشکیل جلسات و تصمیم‌گیری در اولین جلسه هیأت امناء بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد به تصویب هیأت امناء خواهد رسید.