دبیرخانه در وزارت امور اقتصادی و دارایی تشکیل می‌شود و عهده‌دار وظایف زیر خواهد بود:
1- انجام امور اداری مربوط به تشکیل جلسات شورا،ابلاغ و پیگیری مصوبات
2- حضور فعال در مجامع بین‌المللی و تشریح اقدامات کشور در مبارزه با پولشویی
3- پیگیری اجرا و اخذ گزارش عملکرد اشخاص مشمول،نظارت و بازرسی(دوره‌ای،اتفاقی و موردی)از اشخاص مشمول به منظور اطمینان از اجرای آیین‌نامه‌ها و دستورالعملهای مصوب در حوزه مسئولیت اشخاص مشمول و مشاغل غیر مالی مشمول و تهیه گزارش اجرای قانون و مقررات مربوط هر شش ماه یک بار و ارسال به شورا.
4- رتبه‌بندی سالانه اشخاص مشمول در مورد میزان رعایت مقررات مربوط به پولشویی و در صورت تصویب شورا،اعلام عمومی آن.
5- پاسخگویی به مراجع ذیصلاح،اعلام مواضع،تبلیغات،پشتیبانی از دیدارگاه الکترونیک دبیرخانه و توجیه عمومی مردم با هماهنگی مراجع مسئول.
6- هماهنگی در تشکیل دوره‌های آموزشی در داخل و خارج کشور و تدوین و انتشار جزوات آموزشی.
7- برنامه‌ریزی سالانه اجرای قانون و آیین‌نامه‌های ذی ربط توسط مجریان و اشخاص مشمول.
8- حمایت مادی و معنوی از اشخاص مشمول و کارکنان ذی ربط که در راستای انجام وظایف خود در اجرای مقررات مبارزه با پولشویی مورد شکایت و تعرض ارباب‌رجوع قرار گیرند.
9- به روزرسانی آیین‌نامه‌ها و دستورالعملهای ذی‌ربط از طریق مراجع قانونی.
10- تهیه پیش‌نویس آیین‌نامه‌های لازم و اعلام نظر در مورد دستورالعملهای پیشنهادی اشخاص مشمول.
11- اعلام راهها و فرآیندهای جدید پولشویی و تامین مالی تروریسم در کشور و پیشنهاد اصلاح آیین‌نامه‌ها و دستورالعملها در صورت نیاز.