اتحادیه ها توسط هیأت مدیره منتخب اعضای اتحادیه اداره می شوند. تعداد اعضای این هیأت پنج نفر اصلی و دو نفر علی البدل برای اتحادیه های دارای کمتر از هزار واحد صنفی عضو و هفت نفر اصلی و سه نفر علی البدل برای اتحادیه های دارای بیش از هزار واحد صنفی عضو خواهد بود.
تبصره 1 (اصلاحی 1392/06/12)- مدت مسئولیت اعضای هیأت مدیره اتحادیه ها از تاریخ انتخاب چهار سال تمام است. اعضای هیأت مدیره با رأی مخفی و مستقیم اعضای اتحادیه انتخاب می شوند. اعضای مذکور نمی توانند بیش از دو دوره متوالی و یا چهار دوره متناوب در هیأت مدیره اتحادیه عضویت داشته باشند.
تبصره 2 - کمیسیون نظارت هر شهرستان موظف است شش ماه قبل از پایان هر دوره هیأت مدیره، مقدمات برگزاری انتخابات را فراهم آورد.
تبصره 3 (اصلاحی 1390/04/08)- انتخابات اتحادیه ها در دور اول با حضور حداقل یک سوم اعضاء و در صورت عدم دستیابی به حد نصاب مذکور، در دور دوم با حضور حداقل یک چهارم اعضاء رسمیت می یابد.
تبصره 4 (اصلاحی 1392/06/12)– در صورتی که بر اثر استعفاء، عزل، فوت، بیماری، حجر یا محرومیت از‌حقوق اجتماعی عضو یا اعضائی از هیأت مدیره، با وجود جایگزینی اعضای علی البدل، آن هیأت از نصاب این ماده خارج شود، کمیسیون نظارت مکلف است ظرف شش ماه نسبت به برگزاری انتخابات برای تعیین اعضای جایگزین اقدام کند. تا انجام انتخابات، افرادی از اعضای همان صنف که واجد شروط قانونی برای اداره امور اتحادیه باشند، توسط اتاق اصناف شهرستان معرفی می گردند تا پس از تصویب کمیسیون نظارت، به عنوان اعضای جایگزین به عضویت اصلی یا علی البدل هیأت مدیره منصوب شوند. اگر کمتر از دو سال از مدت مأموریت هیأت مدیره مانده باشد، مدت مأموریت اعضای جایگزین تا پایان مدت مأموریت هیأت مدیره ادامه خواهد یافت.
اعضای مستعفی هیأت مدیره در صورتی که به تشخیص کمیسیون نظارت، به منظور اخلال در انتخابات استعفاء داده باشند و اعضای معزول از آن هیأت، نمی توانند برای اولین انتخابات بعدی هیأت مدیره اتحادیه داوطلب شوند.
تبصره 5 (اصلاحی 1392/06/12)- افراد منصوب شده موضوع تبصره های (3) و (4) این ماده دارای کلیه اختیارات، حقوق و تکالیف هیأت مدیره، به استثنای عضویت در هیأت رئیسه اتاق اصناف شهرستان خواهند بود.
تبصره 6 (الحاقی 1392/06/12)- داوطلب شدن کارکنان اتحادیه ها، اتاق اصناف شهرستان و ایران و دستگاههای اجرائی موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری در انتخابات هیأت مدیره اتحادیه های صنفی منوط به استعفای آنان از شغل قبلی خود پیش از ثبت نام در انتخابات است. اعلام رسمی پذیرش استعفای کارکنان موضوع این ماده پیش از شروع به کار در هیأت مدیره اتحادیه الزامی است.