وظایف شورا به شرح زیر تعیین می‌شود:
الف- بررسی سیاستهای کلان و برنامه‌های مربوط به حوزه زیرساخت کلید عمومی کشور و ارایه آن به شورای عالی فناوری اطلاعات کشور جهت تصویب.
ب- صدور مجوز ایجاد مرکز ریشه.
پ- تصویب و به روزرسانی سیاستها و دستورالعمل گواهی مراکز ریشه و میانی.
ت- تصویب استانداردها،رویه‌ها و دستورالعملهای اجرایی گواهی الکترونیکی.
ث- ایفای نقش به عنوان مرجع هماهنگ‌کننده در مورد فعالیت حوزه‌های گوناگون اجرایی برای ارایه خدمات رایانه‌ای صدور گواهی مبتنی بر زیرساخت کلید عمومی و نحوه تعامل مراکز صدور گواهی داخلی با مرکز صدور گواهی خارجی و هرگونه تفسیر یا کاربردپذیری مفاد سیاستهای گواهی ریشه و میانی.
ج- نظارت عالیه و بررسی گزارش عملکرد و تخلفات احتمالی مراکز ریشه و میانی و در صورت لزوم لغو مجوز آنها.